Kayapınar Otizmin kesin olmamakla birlikte birçok sebebi bulunabilir. Henüz genetik mi yoksa bireyin kendisindeki nörolojik bir sebep mi olduğu kesin olarak bilinememektedir. Bu yüzden yapılan araştırmalar sonucu ortaya çıkan sebepler ve nedenlerden bahsetmek daha uygun olacaktır. Bu sebeplerden birkaçı; doğum öncesi anne karnındaki süreçler, doğum esnasından oluşabilen problemler, kimyasal ilaç kullanımları gibidir. Öncelikle Doğum öncesi sebeplere bakmakta fayda vardır. 

Doğum öncesi sebepleri arasında, annenin, anne adayının bulunduğu sosyal ortamında ya da ailesindeki maruz kaldığı sorunlardan dolayı yaşadığı huzursuzluk ve yaşadığı duygusal karmaşalar bu sebeplerden ilkidir. Her ne kadar doğum sırasındaki problemler de önemli olsa da hamilelik sürecinde veya hemen öncesindeki duygusal, fiziksel sorunlar da bebeğin sağlığını etkiler niteliktedir. Duygusal karmaşanın yanı sıra korkuya bağlı olarak panik ve bu panik durumunun ataklar haline gelmesi de ciddi sorunlara sebep olabilir. Bu yüzden yaşanılan ruhsal problemlerde mutlaka bir uzmandan yardım alınması önerilir. Annelik çok kutsal bir durum olsa da ruhsal veya ekonomik sorunlardan kaynaklı her anne çocuğunu istemeyebilir. Kayapınar Otizmin doğum öncesi nedenlerinden birisi de annenin çocuğunu istememesi olabilir. Çocuk her ne kadar doğmasa da anne ile manevi bir bağı bulunur. Bebeğin ruhsal olarak iyi bir şekilde dünyaya gelebilmesi için bu gibi durumlara da dikkat edilmelidir. 

Doğum öncesi dikkat edilmesi gereken bu bahsedilen durumların yanı sıra doğumdan sonraki süreçte de bebeğin sağlığı için özenle davranılmalıdır. Annenin çok fazla kişisel işleriyle ilgilenerek çocuğu ihmal etmesi gibi çocuğun ilgisiz kaldığı dönemlerde de bebeğin sağlığı olumsuz etkilenir. Annenin bebeğinin karnına elini koyması bile çocuğu huzurlu hissettirir. Bu yüzden annelerin ve anne adaylarının kontrollü doğum yapmaları bebeğin sağlığı açısından pek çok uzman tarafından önerilir. Annenin ilgisiz tavırlarının yanı sıra büyüyen bebeği televizyonla çok sık yalnız bırakması televizyon bağımlılığının yanında iletişim problemi yaşayan bir çocuk olarak büyümesine sebep olur. Bu da çocuğun sağlığını hem nörolojik hem de psikolojik olarak etkiler. Tüm bu anne ve babaya bağlı sebeplerin yanı sır genlerden gelen ebeveynlerin genlerindeki duygusal aktarım da çocukta Kayapınar otizmin sebepleri arasındadır. Bu yüzden ebeveynlerin çocuklarını çok küçük yaşlarda takip etmeleri, özenli ve ilgili olmaları önerilir.  

Kayapınar Otizmin bir diğer sebebi ise annenin hamilelik dönemindeki kimyasal ilaç kullanımıdır. Hamilelik döneminde zorunda kalınmadıkça ilaç kullanılmaması, kullanılacaksa da gözlem altında kontrollü bir şekilde kullanımı uzman kişiler tarafından sağlanır. Annenin kullandığı ya da kullanacağı ilaçların, bebek üzerinde etkisi olduğu kanıtlanamamış olsa da reçete edilen bazı ilaçların bebeğin gelişimini olumsuz yönde etkilediği gerçeği unutulmamalıdır. Etken maddesine göre farklı etkilere sahip ilaçların Kayapınar otizmin sebepleri arasında bulanabileceği düşünülüyor. Bu sebepler basit olarak tanımlanan ilaçların dahi bir uzmana danışmadan kullanılmaması önerilir.

Kimyasal bir tasarıma sahip olan ilaçların yanı sıra gebelik döneminde annenin hastalıkları da bebeğin gelişimini ve sağlığını etkiler. Örnek verecek olursak, troid, şeker gibi hastalıklar otizmi etkileyebileceği öngörülüyor. Bu hastalıkların dışında kızamık, D ve B6 vitaminlerinin eksikliklerinin yanı sıra demir eksikliği de Kayapınar otizmin oluşma ihtimalini artırır. Bu hastalıkların dışında annenin sigara ve alkol kullanımı da Kayapınar otizmin yanı sıra farklı gelişim bozukluklarına da sebep olur. Araştırmalar ışında hastalık, annenin kullandığı ilaç ya da kullanmaması gereken kötü alışkanlıkların sonucunda bebekte otizm problemi görülebilir. Tüm bunların yanında annenin kendi sağlığının yanında bebeğin gelişimini ve organlarının sağlığını da düşünmek zorundadır.